Средняя школа №3 г. Гагарин построена в 1974 г. На открытии школы присутствовала мать первого космонавта планены Анна Тимофеевна Гагарина. Музей открыт в 1976 году
В рамках Федерального проекта Министрерства культуры РФ прошла реконструкция школьного музея, По инициативе выпускника школы МБОУ " Средняя школа №3 имени Ленинского комсомола" Кононова Владислава Александровича, начальника Департамента по координации вопросов государственной политики в исторической и гуманитарной сферах Администрации Президента России, была разработана новая концепция музея. На открытии обновленного музея 1 сентабря 2020 г. присутствовала Гагарина Елена Юрьевна, дочь Ю.А.Гагарина, Генеральный директор Государственного историко -культурного музея- заповедника " Московский кремль"